Szukasz kalkulatora temperatury wyżarzenia, który wykorzystuje równanie Wallace'a et al do obliczania NEB TM online? Znalazłeś się we właściwym miejscu!
Temperatura denaturacji (Tm) to temperatura, w której startery lub prajmery łączą się lub "hybrydyzują" (tworzą wiązanie wodorowe) z komplementarnymi nitkami DNA, umożliwiając polimerazie wydłużenie. Optymalna temperatura denaturacji zależy od sekwencji starterów i warunków reakcji, takich jak bufor reakcyjny, stężenie jonów i stężenie starterów. Prawidłowy wybór temperatury denaturacji jest kluczowy dla uzyskania precyzyjnych i specyficznych wyników w reakcji PCR.
Istnieje wiele dostępnych równań do obliczenia temperatury krystalizacji PCR, z czego najczęściej stosowane jest równanie Wallace'a i in. To równanie uwzględnia sekwencje starterów, ich stężenie oraz liczbę par zasad GC w sekwencji starterów. Formuła do obliczenia Tm jest następująca:
Tm = 64,9 + 41*(G + C - 16,4)/(A + T + G + C - 16,4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0,41*P)
Gdzie:
Tm = Temperatura nawęglania w stopniach Celsjusza A, T, G, C = Liczba nukleotydów adeniny, tyminy, guaniny i cytozyny, odpowiednio, w sekwencji starterów P = Liczba par zasad GC w sekwencji starterów
Równanie Wallace'a i in. to tylko jedno z wielu równań dostępnych do obliczania temperatury topnienia (Tm), ale jest powszechnie używane ze względu na swoją dokładność i łatwość użycia.
Sumário
Kalkulator temperatury topnienia równanie Wallace'a et al.
Kalkulator używa równania Wallace'a et al. do obliczenia Tm na podstawie sekwencji starterów i ich stężenia.
O naszym kalkulatorze NEB TM
Kalkulator został zaprojektowany do użytku z produktami PCR NEB. Pierwszym krokiem jest wybranie produktu PCR NEB, który planujesz użyć w reakcji PCR. To pomoże określić odpowiednie warunki reakcji i poprawną formułę do obliczenia temperatury topnienia (Tm).
Aby zastosować, wprowadź sekwencje starterów do kalkulatora. Upewnij się, że wpisujesz sekwencje w prawidłowej kolejności - pierwszy starter w pierwszym polu, a drugi starter w drugim polu. Kalkulator pozwala na maksymalnie 3 niejednoznaczne bazy (reprezentowane przez kody "N", "R", "Y", itp.) w sekwencjach starterów.
Po wprowadzeniu niezbędnych informacji, kliknij przycisk "Oblicz Tm". Kalkulator będzie używał równania Wallace'a et al. do obliczenia Tm na podstawie sekwencji starterów i stężenia starterów.
Kalkulator wyświetli obliczoną Tm w stopniach Celsjusza w polu tekstowym pod przyciskiem "Oblicz Tm". Upewnij się, że obliczona Tm mieści się w odpowiednim zakresie temperatury dla używanego produktu PCR NEB.
Inne sposoby obliczania temperatury spiekania
Poza równaniem Wallace et al., istnieją inne równania, które mogą być wykorzystane do obliczenia temperatury przyłączania PCR na podstawie sekwencji starterów. Oto kilka innych powszechnie stosowanych równań:
Wzór Breslauera i in.
Wzór Breslauera et al. to jedno z najstarszych i najczęściej stosowanych równań do obliczania temperatury denaturacji w reakcji PCR. Wzór jest podany przez:
Tm = 81.5 + 0.41*(G + C) - 675/N - P + S
Gdzie:
Tm = Temperatura odbarwiania w stopniach Celsjusza G, C = Liczba nukleotydów guaniny i cytozyny, odpowiednio, w sekwencji starterów N = Całkowita liczba nukleotydów w sekwencji starterów P = Liczba par zasad w sekwencji starterów S = Stężenie soli (Na+) w molach na litr
To równanie jest stosunkowo proste, ale może nie być tak precyzyjne jak inne równania, które zostały opracowane niedawno.
Wzór SantaLucia i in.
Wzór SantaLucia et al. to nowsze i dokładniejsze równanie służące do obliczania temperatury krystalizacji w reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR). Wzór jest określony jako:
Tł = 100.5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16.6*log10(S/1000)
Gdzie:
Temperatura krystalizacji w stopniach Celsjusza G, C = Liczba nukleotydów guaniny i cytozyny, odpowiednio, w sekwencji starterów A, T = Liczba nukleotydów adeniny i tyminy, odpowiednio, w sekwencji starterów dH = Entalpia denaturacji startera w cal/mol S = Stężenie soli (Na+) w mol/L
To równanie uwzględnia entalpię denaturacji starterów, które może być zmierzona eksperymentalnie, a także stężenie soli w reakcji PCR.
