กำลังมองหาเครื่องคำนวณอุณหภูมิการหลอมที่ใช้สมการของ Wallace et al เพื่อคำนวณ NEB TM ออนไลน์อยู่ใช่ไหม ถ้าอย่างนั้นคุณมาถูกที่แล้ว!
อุณหภูมิการหลอม (Tm) คืออุณหภูมิที่ไพรเมอร์หรือไพรเมอร์จับหรือ "หลอม" (สร้างพันธะไฮโดรเจน) กับสายเสริมของ DNA ทำให้โพลีเมอเรสขยายได้ อุณหภูมิการหลอมที่เหมาะสมขึ้นอยู่กับลำดับไพรเมอร์และสภาวะของปฏิกิริยา เช่น บัฟเฟอร์ปฏิกิริยา ความเข้มข้นของไอออน และความเข้มข้นของไพรเมอร์ การเลือกอุณหภูมิการหลอมที่ถูกต้องเป็นสิ่งสำคัญเพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่แม่นยำและเฉพาะเจาะจงในปฏิกิริยา PCR
มีสมการหลายสมการที่ใช้คำนวณอุณหภูมิการหลอม PCR ซึ่งเป็นสมการที่ใช้บ่อยที่สุดโดย Wallace และคณะ สมการนี้คำนึงถึงลำดับไพรเมอร์และความเข้มข้นของไพรเมอร์ ตลอดจนจำนวนคู่เบส GC ในลำดับไพรเมอร์ สูตรการคำนวณ Tm เป็นดังนี้:
Tm = 64.9 + 41*(G + C - 16.4)/(A + T + G + C - 16.4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0.41*P)
ที่ไหน:
Tm = อุณหภูมิการหลอมเป็นองศาเซลเซียส A, T, G, C = จำนวนนิวคลีโอไทด์อะดีนีน ไทมีน กวานีน และไซโตซีน ตามลำดับ ในลำดับไพรเมอร์ P = จำนวนคู่เบส GC ในลำดับไพรเมอร์
วอลเลซและคณะ เป็นเพียงสมการหนึ่งในหลายๆ สมการที่มีให้คำนวณ Tm แต่ใช้กันอย่างแพร่หลายเนื่องจากความแม่นยำและใช้งานง่าย
Sumário
Ring Temperature Calculator วอลเลซและสมการ
เครื่องคิดเลขใช้ Wallace et al เพื่อคำนวณ Tm ตามลำดับไพรเมอร์และความเข้มข้นของไพรเมอร์
เกี่ยวกับเครื่องคิดเลข NEB TM ของเรา
เครื่องคิดเลขออกแบบมาเพื่อใช้กับผลิตภัณฑ์ NEB PCR ขั้นตอนแรกคือการเลือกผลิตภัณฑ์ NEB PCR ที่คุณวางแผนจะใช้ในปฏิกิริยา PCR สิ่งนี้จะช่วยกำหนดสภาวะปฏิกิริยาที่เหมาะสมและสูตรที่ถูกต้องสำหรับการคำนวณ Tm
หากต้องการใช้ ให้ป้อนลำดับไพรเมอร์ลงในเครื่องคิดเลข อย่าลืมป้อนลำดับตามลำดับที่ถูกต้อง - ตัวเริ่มต้นแรกในกล่องแรกและตัวเริ่มต้นที่สองในกล่องที่สอง เครื่องคิดเลขอนุญาตให้มีฐานกำกวมได้สูงสุด 3 ฐาน (แสดงด้วยรหัส "N", "R", "Y" ฯลฯ) ในลำดับไพรเมอร์
หลังจากป้อนข้อมูลที่จำเป็นแล้ว ให้คลิกปุ่ม "คำนวณ Tm" เครื่องคิดเลขจะใช้ Wallace et al เพื่อคำนวณ Tm ตามลำดับไพรเมอร์และความเข้มข้นของไพรเมอร์
เครื่องคิดเลขจะแสดงค่า Tm ที่คำนวณได้เป็นองศาเซลเซียสในกล่องข้อความด้านล่างปุ่ม "คำนวณ Tm" ตรวจสอบให้แน่ใจว่า Tm ที่คำนวณได้อยู่ในช่วงอุณหภูมิที่เหมาะสมสำหรับผลิตภัณฑ์ NEB PCR ที่คุณใช้อยู่
วิธีอื่นๆ ในการคำนวณอุณหภูมิแหวน
นอกจากสมการของ Wallace และคณะแล้ว ยังมีสมการอื่นที่สามารถใช้ในการคำนวณอุณหภูมิการอบอ่อน PCR ตามลำดับไพรเมอร์ ต่อไปนี้เป็นสมการทั่วไปอื่นๆ:
สูตร Breslauer และคณะ
สูตรโดย Breslauer และคณะ เป็นหนึ่งในสมการที่เก่าแก่ที่สุดและพบได้ทั่วไปในการคำนวณอุณหภูมิการอบอ่อนด้วย PCR สมการได้รับจาก:
Tm = 81.5 + 0.41*(G + C) - 675/N - P + S
ที่ไหน:
Tm = อุณหภูมิการหลอมเป็นองศาเซลเซียส G, C = จำนวนนิวคลีโอไทด์ของกัวนีนและไซโตซีนตามลำดับในลำดับไพรเมอร์ N = จำนวนนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดในลำดับไพรเมอร์ P = จำนวนคู่เบสในลำดับไพรเมอร์ S = ความเข้มข้นของเกลือ ( Na+ ) ในโมล/ลิตร
สมการนี้ค่อนข้างง่าย แต่อาจไม่แม่นยำเท่าสมการล่าสุดอื่นๆ
สูตรโดย SantaLucia et al.
สูตรโดย SantaLucia และคณะ เป็นสมการที่ใหม่กว่าและแม่นยำกว่าสำหรับการคำนวณอุณหภูมิการหลอม PCR สมการได้รับจาก:
Tm = 100.5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16.6*log10(S/1000)
ที่ไหน:
อุณหภูมิการหลอมเป็นองศาเซลเซียส G, C = จำนวนของกัวนีนและไซโตซีนนิวคลีโอไทด์ตามลำดับของไพรเมอร์ A, T = จำนวนของอะดีนีนและไทมีนนิวคลีโอไทด์ตามลำดับของไพรเมอร์ dH = เอนทัลปีของการเสียสภาพธรรมชาติของ ไพรเมอร์ในแคล/โมล S = ความเข้มข้นของเกลือ (Na+) ในโมล/ลิตร
สมการนี้คำนึงถึงเอนทัลปีของการสูญเสียสภาพธรรมชาติของไพรเมอร์ ซึ่งสามารถวัดได้ด้วยการทดลอง เช่นเดียวกับความเข้มข้นของเกลือในปฏิกิริยา PCR
