Calculadora de temperatura de recocido NEB TM

¿Está buscando una calculadora de temperatura de recocido que use la ecuación de Wallace et al para calcular NEB TM en línea? ¡Entonces has venido al lugar correcto!

La temperatura de hibridación (Tm) es la temperatura a la que los cebadores o cebadores se unen o “hibridan” (forman enlaces de hidrógeno) con cadenas complementarias de ADN, lo que permite la extensión por la polimerasa. La temperatura de hibridación óptima depende de las secuencias de cebadores y las condiciones de reacción, como el tampón de reacción, la concentración de iones y la concentración de cebadores. La elección correcta de la temperatura de recocido es crucial para obtener resultados precisos y específicos en las reacciones de PCR.

Hay varias ecuaciones disponibles para calcular la temperatura de recocido de la PCR, siendo la ecuación más utilizada Wallace et al. Esta ecuación tiene en cuenta las secuencias de cebadores y la concentración de cebadores, así como el número de pares de bases GC en la secuencia de cebadores. La fórmula para calcular Tm es la siguiente:

Tm = 64,9 + 41*(G + C - 16,4)/(A + T + G + C - 16,4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0,41*P)

Dónde:

Tm = Temperatura de hibridación en grados Celsius A, T, G, C = Número de nucleótidos de adenina, timina, guanina y citosina, respectivamente, en la secuencia del cebador P = Número de pares de bases GC en la secuencia del cebador

Wallace et al. es solo una de varias ecuaciones disponibles para calcular Tm, pero se usa ampliamente debido a su precisión y facilidad de uso.

Calculadora de temperatura del anillo Ecuación de Wallace et al

La calculadora utiliza Wallace et al. para calcular la Tm en función de las secuencias de cebadores y la concentración de cebadores.









Acerca de nuestra calculadora NEB TM

La calculadora está diseñada para usarse con productos NEB PCR. El primer paso es seleccionar el producto de PCR NEB que planea usar en la reacción de PCR. Esto ayudará a determinar las condiciones de reacción apropiadas y la fórmula correcta para calcular la Tm.

Para usar, ingrese las secuencias de cebadores en la calculadora. Asegúrese de ingresar las secuencias en el orden correcto: primer iniciador en el primer cuadro y segundo iniciador en el segundo cuadro. La calculadora permite hasta 3 bases ambiguas (representadas por los códigos "N", "R", "Y", etc.) en las secuencias de cebadores.

Después de ingresar la información requerida, haga clic en el botón "Calcular Tm". La calculadora utilizará Wallace et al. para calcular la Tm en función de las secuencias de cebadores y la concentración de cebadores.

La calculadora mostrará la Tm calculada en grados Celsius en el cuadro de texto debajo del botón "Calcular Tm". Asegúrese de que la Tm calculada esté dentro del rango de temperatura adecuado para el producto NEB PCR que está utilizando.

Otras formas de calcular la temperatura del anillo

Además de la ecuación de Wallace et al., existen otras ecuaciones que se pueden usar para calcular la temperatura de hibridación de la PCR en función de las secuencias de los cebadores. Aquí hay algunas otras ecuaciones comunes:

Fórmula de Breslauer et al.

La fórmula de Breslauer et al. es una de las ecuaciones más antiguas y comunes para calcular la temperatura de recocido de PCR. La ecuación está dada por:

Tm = 81,5 + 0,41*(G + C) - 675/N - P + S

Dónde:

Tm = Temperatura de hibridación en grados Celsius G, C = Número de nucleótidos de guanina y citosina, respectivamente, en la secuencia del cebador N = Número total de nucleótidos en la secuencia del cebador P = Número de pares de bases en la secuencia del cebador S = Concentración de sal ( Na+ ) en mol/L

Esta ecuación es relativamente simple, pero puede que no sea tan precisa como otras ecuaciones más recientes.

Fórmula de SantaLucía et al.

La fórmula de SantaLucía et al. es una ecuación más nueva y precisa para calcular la temperatura de recocido de la PCR. La ecuación está dada por:

Tm = 100,5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16,6*log10(S/1000)

Dónde:

Temperatura de hibridación en grados Celsius G, C = Número de nucleótidos de guanina y citosina, respectivamente, en la secuencia de cebadores A, T = Número de nucleótidos de adenina y timina, respectivamente, en la secuencia de cebadores dH = Entalpía de desnaturalización del cebador en cal/mol S = Concentración de sal (Na+) en mol/L

Esta ecuación tiene en cuenta la entalpía de desnaturalización de los cebadores, que puede medirse experimentalmente, así como la concentración de sal en la reacción de PCR.


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