Procurando uma calculadora de temperatura de anelamento que utiliza a equação de Wallace et al para calcular NEB TM online? Então você chegou no lugar certo!
Temperatura de anelamento (Tm) é a temperatura na qual os iniciadores ou primers se ligam ou “anelam” (formam pontes de hidrogênio) às fitas complementares de DNA, permitindo a extensão pela polimerase. A temperatura ideal de anelamento depende das sequências dos iniciadores e das condições de reação, como o tampão de reação, a concentração de íons e a concentração de iniciadores. A escolha correta da temperatura de anelamento é crucial para obter resultados precisos e específicos em reações de PCR.
Existem várias equações disponíveis para calcular a temperatura de anelamento de PCR, sendo a mais comumente utilizada a equação de Wallace et al. Esta equação leva em consideração as sequências dos iniciadores e a concentração dos iniciadores, bem como o número de pares de base GC na sequência dos iniciadores. A fórmula para calcular a Tm é a seguinte:
Tm = 64.9 + 41*(G + C - 16.4)/(A + T + G + C - 16.4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0.41*P)
Onde:
Tm = Temperatura de anelamento em graus Celsius A, T, G, C = Número de nucleotídeos de adenina, timina, guanina e citosina, respectivamente, na sequência dos iniciadores P = Número de pares de base GC na sequência dos iniciadores
A equação de Wallace et al. é apenas uma das várias equações disponíveis para calcular a Tm, mas é amplamente utilizada devido à sua precisão e facilidade de uso.
Sumário
Calculadora de Temperatura de Anelmento Equação de Wallace et al
A calculadora usa a equação de Wallace et al. para calcular a Tm com base nas sequências dos iniciadores e na concentração dos iniciadores.
Sobre a nossa Calculadora NEB TM
A calculadora foi projetada para uso com produtos de PCR NEB. O primeiro passo é selecionar o produto de PCR NEB que você planeja usar na reação de PCR. Isso ajudará a determinar as condições de reação apropriadas e a fórmula correta para calcular a Tm.
Para usar, insira as sequências dos iniciadores na calculadora. Certifique-se de digitar as sequências na ordem correta - o primeiro iniciador na primeira caixa e o segundo iniciador na segunda caixa. A calculadora permite até 3 bases ambíguas (representadas pelos códigos "N", "R", "Y", etc.) nas sequências dos iniciadores.
Após inserir as informações necessárias, clique no botão "Calcular Tm". A calculadora usará a equação de Wallace et al. para calcular a Tm com base nas sequências dos iniciadores e na concentração dos iniciadores.
A calculadora exibirá a Tm calculada em graus Celsius na caixa de texto abaixo do botão "Calcular Tm". Certifique-se de que a Tm calculada esteja dentro da faixa de temperatura adequada para o produto de PCR NEB que você está usando.
Outras formas de Calcular Temperatura de Anelmento
Além da equação de Wallace et al., existem outras equações que podem ser usadas para calcular a temperatura de anelamento de PCR com base nas sequências dos iniciadores. Aqui estão algumas outras equações comuns:
Fórmula de Breslauer et al
A fórmula de Breslauer et al. é uma das equações mais antigas e comuns para calcular a temperatura de anelamento de PCR. A equação é dada por:
Tm = 81.5 + 0.41*(G + C) - 675/N - P + S
Onde:
Tm = Temperatura de anelamento em graus Celsius G, C = Número de nucleotídeos de guaninae citosina, respectivamente, na sequência dos iniciadores N = Número total denucleotídeos na sequência dos iniciadores P = Número de pares de base na sequência dosiniciadores S = Concentração de sal (Na+) em mol/L
Essa equação é relativamente simples, mas pode não ser tão precisa quanto outras equações mais recentes.
Fórmula de SantaLucia et al.
A fórmula de SantaLucia et al. é uma equação mais recente e mais precisa para calcular a temperatura de anelamento de PCR. A equação é dada por:
Tm = 100.5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16.6*log10(S/1000)
Onde:
Temperatura de anelamento em graus Celsius G, C = Número de nucleotídeos de guanina e citosina, respectivamente, na sequência dos iniciadores A, T = Número de nucleotídeos de adenina e timina, respectivamente, na sequência dos iniciadores dH = Entalpia de desnaturação do iniciador em cal/mol S = Concentração de sal (Na+) em mol/L
Essa equação leva em consideração a entalpia de desnaturação dos iniciadores, que pode ser medida experimentalmente, bem como a concentração de sal na reação de PCR.
