Wallace らの式を使用して NEB TM をオンラインで計算するアニーリング温度計算機をお探しですか?それなら、あなたは正しい場所に来ました！
アニーリング温度 (Tm) は、1 つまたは複数のプライマーが DNA の相補鎖に結合または「アニーリング」(水素結合を形成) し、ポリメラーゼによる伸長を可能にする温度です。最適なアニーリング温度は、プライマー配列と、反応バッファー、イオン濃度、プライマー濃度などの反応条件によって異なります。アニーリング温度を正しく選択することは、PCR 反応で正確かつ特異的な結果を得るために非常に重要です。
PCR アニーリング温度を計算するために使用できる式がいくつかあります。Wallace らによって最も一般的に使用されている式です。この式は、プライマー配列とプライマー濃度、およびプライマー配列内の GC 塩基対の数を考慮に入れています。 Tm の計算式は次のとおりです。
Tm = 64.9 + 41*(G + C - 16.4)/(A + T + G + C - 16.4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0.41*P)
どこ：
Tm = 摂氏でのアニーリング温度 A、T、G、C = プライマー配列中のアデニン、チミン、グアニン、シトシンヌクレオチドの数 P = プライマー配列中の GC 塩基対の数
ウォレス等。は、Tm の計算に使用できるいくつかの式の 1 つにすぎませんが、その精度と使いやすさから広く使用されています。
まとめ
リング温度計算機 Wallace et al 方程式
電卓は Wallace らを使用します。プライマー配列とプライマー濃度に基づいて Tm を計算します。
NEB TM Calculatorについて
この計算機は、NEB PCR 製品で使用するように設計されています。最初のステップは、PCR 反応で使用する予定の NEB PCR 産物を選択することです。これは、適切な反応条件と Tm を計算するための正しい式を決定するのに役立ちます。
使用するには、プライマー配列を電卓に入力します。最初のスターターを最初のボックスに、2 番目のスターターを 2 番目のボックスに、正しい順序でシーケンスを入力してください。電卓では、プライマー シーケンス内のあいまいな塩基 (コード「N」、「R」、「Y」などで表される) を 3 つまで使用できます。
必要事項を入力後、「Tm計算」ボタンをクリックしてください。電卓はウォレスらを使用します。プライマー配列とプライマー濃度に基づいて Tm を計算します。
電卓は、「Tm の計算」ボタンの下のテキスト ボックスに計算された Tm を摂氏で表示します。計算された Tm が、使用している NEB PCR 製品の適切な温度範囲内にあることを確認してください。
リング温度を計算するその他の方法
Wallace らの式に加えて、プライマー配列に基づいて PCR アニーリング温度を計算するために使用できる他の式があります。その他の一般的な方程式を次に示します。
ブレスラウアー等式
Breslauer らによる式。は、PCR アニーリング温度を計算するための最も古く、最も一般的な式の 1 つです。方程式は次のように与えられます。
Tm = 81.5 + 0.41*(G + C) - 675/N - P + S
どこ：
Tm = 摂氏でのアニーリング温度 G、C = プライマー配列内のグアニンおよびシトシンヌクレオチドの数 N = プライマー配列内のヌクレオチドの総数 P = プライマー配列内の塩基対の数 S = 塩濃度 ( Na+ ) in mol/L
この方程式は比較的単純ですが、最近の他の方程式ほど正確ではない可能性があります。
SantaLuciaらによる式。
SantaLucia らによる式。は、PCR アニーリング温度を計算するための新しい、より正確な式です。方程式は次のように与えられます。
Tm = 100.5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16.6*log10(S/1000)
どこ：
摂氏でのアニーリング温度 G、C = プライマー配列中のグアニンおよびシトシンヌクレオチドの数 A、T = プライマー配列中のアデニンおよびチミンヌクレオチドの数 dH = プライマーの変性エンタルピープライマー (cal/mol S) = 塩濃度 (Na+) (mol/L)
この方程式は、実験的に測定できるプライマーの変性エンタルピーと、PCR 反応における塩濃度を考慮に入れています。
