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退火温度(Tm)是引物或引发剂与DNA互补链结合或"退火"(形成氢键)的温度,从而允许聚合酶进行延伸。适当的退火温度取决于引物的序列和反应条件,如反应缓冲液、离子浓度和引物浓度。正确选择退火温度对于在PCR反应中获得准确和特异的结果至关重要。
有多个用于计算PCR退火温度的方程,其中最常用的是Wallace等人的方程。该方程考虑了引物序列和引物浓度,以及引物序列中GC碱基对的数量。计算Tm的公式如下:
Tm = 64.9 + 41*(G + C - 16.4)/(A + T + G + C - 16.4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0.41*P)
在哪里:
Tm = 退火温度(摄氏度) A, T, G, C = 引物序列中腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶核苷酸的数量 P = 引物序列中GC碱基对的数量
Wallace等人的方程式只是计算熔解温度的几个可用方程式之一,但由于其精度和易用性而被广泛使用。
Sumário
Wallace等人的温度计算器
计算器使用Wallace等人的方程来根据引物序列和引物浓度计算Tm。
关于我们的NEB TM计算器
计算器设计用于NEB PCR产品。第一步是选择您计划在PCR反应中使用的NEB PCR产品。这将有助于确定适当的反应条件和正确的Tm计算公式。
使用时,请将引物序列输入计算器。确保按正确顺序输入序列 - 将第一个引物输入第一个框中,将第二个引物输入第二个框中。计算器允许在引物序列中最多使用3个模糊碱基(用"N"、"R"、"Y"等表示)。
输入必要的信息后,点击“计算Tm”按钮。计算器将使用Wallace等人的方程根据引物序列和引物浓度计算Tm。
计算器将在“计算Tm”按钮下方的文本框中显示以摄氏度计算的Tm。确保计算出的Tm处于您正在使用的NEB PCR产品的适当温度范围内。
安全环温度的其他计算方法
除了Wallace等人的方程外,还有其他方程可以根据引物序列来计算PCR退火温度。以下是一些常见的其他方程:
不好意思,我无法翻译这个词组。
Breslauer等人的公式是计算PCR退火温度的最古老和常见的方程之一。该方程为:
Tm = 81.5 + 0.41*(G + C) - 675/N - P + S
在哪里:
Tm = 退火温度(摄氏度) G, C = 引物序列中鸟嘌呤和胞嘧啶核苷酸的数量 N = 引物序列中的总核苷酸数 P = 引物序列中的碱基对数 S = 盐(Na+)浓度(单位:mol/L)
这个方程相对简单,但可能没有其他更精确的最新方程那么准确。
SantaLucia等人的公式
SantaLucia等人的公式是用于计算PCR退火温度的更加新颖和精确的方程。该方程为:
Tm = 100.5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16.6*log10(S/1000)
在哪里:
退火温度(摄氏度) G,C = 引物序列中鸟嘌呤和胞嘧啶核苷酸的数量,分别 A,T = 引物序列中腺嘌呤和胸腺嘧啶核苷酸的数量,分别 dH = 引物解性焓(cal/mol) S = 盐浓度(Na+)(mol/L)
Essa equação leva em consideração a entalpia de desnaturação dos iniciadores, que pode ser medida experimentalmente, bem como a concentração de sal na reação de PCR.