Vous recherchez un calculateur de température de recuit qui utilise l'équation de Wallace et al pour calculer NEB TM en ligne ? Alors vous êtes au bon endroit !
La température d'annelage (Tm) est la température à laquelle les amorces ou les amorces se lient ou «s'annelent» (forment des liaisons hydrogène) à des brins complémentaires d'ADN, permettant l'extension par la polymérase. La température de recuit optimale dépend des séquences d'amorces et des conditions de réaction telles que le tampon de réaction, la concentration en ions et la concentration en amorces. Le choix correct de la température de recuit est crucial pour obtenir des résultats précis et spécifiques dans les réactions de PCR.
Il existe plusieurs équations disponibles pour calculer la température de recuit PCR, l'équation la plus couramment utilisée par Wallace et al. Cette équation prend en compte les séquences d'amorces et la concentration d'amorces, ainsi que le nombre de paires de bases GC dans la séquence d'amorces. La formule de calcul de Tm est la suivante :
Tm = 64,9 + 41*(G + C - 16,4)/(A + T + G + C - 16,4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0,41*P)
Où:
Tm = Température de recuit en degrés Celsius A, T, G, C = Nombre de nucléotides d'adénine, de thymine, de guanine et de cytosine, respectivement, dans la séquence d'amorce P = Nombre de paires de bases GC dans la séquence d'amorce
Wallace et al. n'est qu'une des nombreuses équations disponibles pour calculer Tm, mais elle est largement utilisée en raison de sa précision et de sa facilité d'utilisation.
Sumário
Calculateur de température d'anneau Équation de Wallace et al
Le calculateur utilise le Wallace et al. pour calculer la Tm en fonction des séquences d'amorces et de la concentration des amorces.
À propos de notre calculateur NEB MC
Le calculateur est conçu pour être utilisé avec les produits PCR NEB. La première étape consiste à sélectionner le produit PCR NEB que vous prévoyez d'utiliser dans la réaction PCR. Cela aidera à déterminer les conditions de réaction appropriées et la formule correcte pour calculer la Tm.
Pour l'utiliser, entrez les séquences d'amorces dans la calculatrice. Assurez-vous d'entrer les séquences dans le bon ordre - premier démarreur dans la première case et deuxième démarreur dans la deuxième case. Le calculateur autorise jusqu'à 3 bases ambiguës (représentées par les codes "N", "R", "Y", etc.) dans les séquences d'amorces.
Après avoir entré les informations requises, cliquez sur le bouton "Calculer Tm". Le calculateur utilisera le Wallace et al. pour calculer la Tm en fonction des séquences d'amorces et de la concentration des amorces.
La calculatrice affichera la Tm calculée en degrés Celsius dans la zone de texte sous le bouton "Calculer la Tm". Assurez-vous que la Tm calculée se situe dans la plage de température appropriée pour le produit PCR NEB que vous utilisez.
Autres façons de calculer la température de l'anneau
En plus de l'équation de Wallace et al., il existe d'autres équations qui peuvent être utilisées pour calculer la température d'annelage PCR en fonction des séquences d'amorces. Voici quelques autres équations courantes :
Formule de Breslauer et al
La formule de Breslauer et al. est l'une des équations les plus anciennes et les plus courantes pour calculer la température de recuit PCR. L'équation est donnée par :
Tm = 81,5 + 0,41*(G + C) - 675/N - P + S
Où:
Tm = Température de recuit en degrés Celsius G, C = Nombre de nucléotides de guanine et de cytosine, respectivement, dans la séquence d'amorce N = Nombre total de nucléotides dans la séquence d'amorce P = Nombre de paires de bases dans la séquence d'amorce S = Concentration en sel ( Na+ ) en mol/L
Cette équation est relativement simple, mais elle peut ne pas être aussi précise que d'autres équations plus récentes.
Formule de SantaLucia et al.
La formule de SantaLucia et al. est une équation plus récente et plus précise pour calculer la température de recuit PCR. L'équation est donnée par :
Tm = 100,5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16,6*log10(S/1000)
Où:
Température de recuit en degrés Celsius G, C = Nombre de nucléotides de guanine et de cytosine, respectivement, dans la séquence des amorces A, T = Nombre de nucléotides d'adénine et de thymine, respectivement, dans la séquence des amorces dH = Enthalpie de dénaturation du amorce en cal/mol S = concentration en sel (Na+) en mol/L
Cette équation prend en compte l'enthalpie de dénaturation des amorces, qui peut être mesurée expérimentalement, ainsi que la concentration en sel dans la réaction PCR.
