Procurando um anelamento de temperatura de cálculo que usa a equação de Wallace et al para calcular NEB TM online? Então você veio ao lugar certo!
Smeltetemperatur (Tm) er den temperatur, hvor primere binder eller "smelter" (danner hydrogenbroer) til de komplementære DNA-strenge, hvilket tillader forlængelse af polymerasen. Den ideelle smeltetemperatur afhænger af primersekvenserne og reaktionsbetingelserne såsom reaktionsbuffer, ionkoncentration og primerkoncentration. Korrekt valg af smeltetemperatur er afgørende for at opnå præcise og specifikke resultater i PCR-reaktioner.
Der er flere ligninger til rådighed for at beregne PCR-anneleringstemperaturen, hvoraf den mest almindeligt anvendte er Wallace m.fl.s ligning. Denne ligning tager hensyn til startersekvenserne og starternes koncentration samt antallet af GC-basepar i startersekvensen. Formlen til at beregne Tm er som følger:
Tm = 64.9 + 41*(G + C - 16.4)/(A + T + G + C - 16.4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0.41*P)
Hvor:
Tm = Temperatur for sintring i grader Celsius A, T, G, C = Antal adenin-, thymin-, guanin- og cytosin-nukleotider i startsekvensen P = Antal GC baspar i startsekvensen
Wallace et al. ligning er kun en af flere ligninger til at beregne Tm, men den er bredt anvendt på grund af dens nøjagtighed og brugervenlighed.
Sumário
Temperatur-kalkulator til Wallace et al.'s ligning
Regnemaskinen bruger Wallace et al.'s ligning til at beregne Tm baseret på startsekvenserne og startkoncentrationen.
Om vores NEB TM lommeregner
Lommeregneren er designet til brug med NEB PCR-produkter. Det første skridt er at vælge det NEB PCR-produkt, du planlægger at bruge i PCR-reaktionen. Dette vil hjælpe med at bestemme de passende reaktionsbetingelser og den korrekte formel til at beregne Tm.
Para ativar, skal du indtaste startersekvenserne på lommeregneren. Sørg for at skrive sekvenserne i den korrekte rækkefølge - den første starter i den første boks og den anden starter i den anden boks. Lommeregneren tillader op til 3 tvetydige baser (repræsenteret af koder som "N", "R", "Y", osv.) i startersekvenserne.
Efter at have indtastet de nødvendige oplysninger, skal du klikke på knappen "Beregn Tm". Lommeregneren vil bruge Wallace et al.'s ligning til at beregne Tm på baggrund af primersekvenserne og primerkoncentrationen.
Lommeregneren vil vise den beregnede Tm i grader Celsius i tekstboksen under knappen "Beregn Tm". Sørg for, at den beregnede Tm er inden for det passende temperaturområde for det NEB PCR-produkt, du bruger.
Andre metoder til beregning af smeltetemperatur
Udover Wallace et al.'s ligning er der andre ligninger, der kan bruges til at beregne PCR annealingstemperaturen baseret på primersekvenserne. Her er nogle andre almindelige ligninger:
Breslauer og medarbejderes formel
Breslauer et al.'s formel er en af de ældste og mest almindelige ligninger for at beregne PCR-annealingstemperaturen. Ligningen er givet ved:
Tm = 81,5 + 0,41*(G + C) - 675/N - P + S
Hvor:
Tm = Annealing temperatur i grader Celsius G, C = Antal guanin og cytosin-nukleotider i henholdsvis startsekvensen N = Totalt antal nukleotider i startsekvensen P = Antal baspar i startsekvensen S = Saltkoncentration (Na+) i mol/L
Denne ligning er relativt simpel, men den kan muligvis ikke være så præcis som andre mere moderne ligninger.
SantaLucia et al. formel
SantaLucia et al. formel er en nyere og mere præcis ligning for at beregne PCR-smeltningstemperaturen. Ligningen er givet ved:
Tm = 100.5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16.6*log10(S/1000)
Hvor:
Annealings temperatur i grader Celsius G, C = Antal guanin- og cytosin-nukleotider, henholdsvis, i startsekvensen A, T = Antal adenin- og thymin-nukleotider, henholdsvis, i startsekvensen dH = Denatureringsentalpi af starteren i cal/mol S = Saltkoncentration (Na+) i mol/L
Denne ligning tager hensyn til denatureringsentalpien for primere, som kan måles eksperimentelt, samt saltkoncentrationen i PCR-reaktionen.
