Suchen Sie nach einem Rechner für die Glühtemperatur, der die Gleichung von Wallace et al verwendet, um NEB TM online zu berechnen? Dann sind Sie bei uns genau richtig!
Die Annealing-Temperatur (Tm) ist die Temperatur, bei der Primer oder Primer an komplementäre DNA-Stränge binden oder „annealen“ (Wasserstoffbrückenbindungen bilden), was eine Verlängerung durch die Polymerase ermöglicht. Die optimale Annealingtemperatur hängt von Primersequenzen und Reaktionsbedingungen wie Reaktionspuffer, Ionenkonzentration und Primerkonzentration ab. Die richtige Wahl der Annealingtemperatur ist entscheidend, um genaue und spezifische Ergebnisse in PCR-Reaktionen zu erhalten.
Es stehen mehrere Gleichungen zur Verfügung, um die PCR-Annealing-Temperatur zu berechnen, die am häufigsten verwendete Gleichung von Wallace et al. Diese Gleichung berücksichtigt Primersequenzen und Primerkonzentration sowie die Anzahl der GC-Basenpaare in der Primersequenz. Die Formel zur Berechnung von Tm lautet wie folgt:
Tm = 64,9 + 41*(G + C – 16,4)/(A + T + G + C – 16,4 – 2*P) – 500/(A + T + G + C + 0,41*P)
Wo:
Tm = Annealing-Temperatur in Grad Celsius A, T, G, C = Anzahl von Adenin-, Thymin-, Guanin- bzw. Cytosin-Nukleotiden in der Primersequenz P = Anzahl von GC-Basenpaaren in der Primersequenz
Wallaceet al. ist nur eine von mehreren Gleichungen, die zur Berechnung von Tm zur Verfügung stehen, wird jedoch aufgrund ihrer Genauigkeit und Benutzerfreundlichkeit häufig verwendet.
Sumário
Ringtemperaturrechner Wallace et al Gleichung
Der Rechner verwendet das Verfahren von Wallace et al. um Tm basierend auf Primersequenzen und Primerkonzentration zu berechnen.
Über unseren NEB TM Rechner
Der Rechner ist für die Verwendung mit NEB-PCR-Produkten ausgelegt. Der erste Schritt besteht darin, das NEB-PCR-Produkt auszuwählen, das Sie in der PCR-Reaktion verwenden möchten. Dies hilft bei der Bestimmung der geeigneten Reaktionsbedingungen und der richtigen Formel zur Berechnung der Tm.
Geben Sie zur Verwendung die Primersequenzen in den Rechner ein. Achten Sie darauf, die Sequenzen in der richtigen Reihenfolge einzugeben – erster Starter in das erste Feld und zweiter Starter in das zweite Feld. Der Rechner erlaubt bis zu 3 mehrdeutige Basen (dargestellt durch die Codes „N“, „R“, „Y“ usw.) in den Primersequenzen.
Nachdem Sie die erforderlichen Informationen eingegeben haben, klicken Sie auf die Schaltfläche "Tm berechnen". Der Rechner verwendet das Verfahren von Wallace et al. um Tm basierend auf Primersequenzen und Primerkonzentration zu berechnen.
Der Rechner zeigt die berechnete Tm in Grad Celsius im Textfeld unter der Schaltfläche "Tm berechnen" an. Stellen Sie sicher, dass die berechnete Tm innerhalb des richtigen Temperaturbereichs für das von Ihnen verwendete NEB-PCR-Produkt liegt.
Andere Möglichkeiten zur Berechnung der Ringtemperatur
Zusätzlich zu der Gleichung von Wallace et al., gibt es andere Gleichungen, die verwendet werden können, um die PCR-Anlagerungstemperatur basierend auf Primersequenzen zu berechnen. Hier sind einige andere allgemeine Gleichungen:
Formel von Breslauer et al
Die Breslauer et al. ist eine der ältesten und gebräuchlichsten Gleichungen zur Berechnung der PCR-Annealing-Temperatur. Die Gleichung ist gegeben durch:
Tm = 81,5 + 0,41*(G + C) – 675/N – P + S
Wo:
Tm = Annealingtemperatur in Grad Celsius G, C = Anzahl der Guanin- bzw. Cytosin-Nukleotide in der Primersequenz N = Gesamtzahl der Nukleotide in der Primersequenz P = Anzahl der Basenpaare in der Primersequenz S = Salzkonzentration ( Na+ ) in mol/L
Diese Gleichung ist relativ einfach, aber möglicherweise nicht so genau wie andere neuere Gleichungen.
Formel von SantaLucia et al.
Die Formel von SantaLucia et al. ist eine neuere und genauere Gleichung zur Berechnung der PCR-Annealing-Temperatur. Die Gleichung ist gegeben durch:
Tm = 100,5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16,6*log10(S/1000)
Wo:
Annealingtemperatur in Grad Celsius G, C = Anzahl der Guanin- bzw. Cytosin-Nukleotide in der Sequenz der Primer A, T = Anzahl der Adenin- bzw. Thymin-Nukleotide in der Sequenz der Primer dH = Denaturierungsenthalpie der Primer in cal/mol S = Salzkonzentration (Na+) in mol/L
Diese Gleichung berücksichtigt die Denaturierungsenthalpie der Primer, die experimentell gemessen werden kann, sowie die Salzkonzentration in der PCR-Reaktion.
