Stai cercando un calcolatore di temperatura di ricottura che utilizza l'equazione di Wallace et al per calcolare NEB TM online? Allora sei nel posto giusto!
La temperatura di annealing (Tm) è la temperatura a cui gli starter o primer si legano o "annealing" (formano ponti di idrogeno) alle filamenti complementari di DNA, permettendo l'estensione da parte della polimerasi. La temperatura di annealing ideale dipende dalle sequenze degli starter e dalle condizioni di reazione, come il buffer di reazione, la concentrazione di ioni e la concentrazione degli starter. La scelta corretta della temperatura di annealing è cruciale per ottenere risultati precisi e specifici nelle reazioni di PCR.
Ci sono diverse equazioni disponibili per calcolare la temperatura di annealing della PCR, la più comunemente utilizzata è l'equazione di Wallace et al. Questa equazione tiene conto delle sequenze degli starter e della loro concentrazione, nonché del numero di coppie di basi GC nella sequenza degli starter. La formula per calcolare la Tm è la seguente:
Tm = 64.9 + 41*(G + C - 16.4)/(A + T + G + C - 16.4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0.41*P)
Dove:
Tm = Temperatura di ricottura in gradi Celsius A, T, G, C = Numero di nucleotidi di adenina, timina, guanina e citosina, rispettivamente, nella sequenza degli inneschi P = Numero di coppie di basi GC nella sequenza degli inneschi
L'equazione di Wallace et al. è solo una delle varie equazioni disponibili per calcolare la Tm, ma è ampiamente utilizzata grazie alla sua precisione e facilità di utilizzo.
Riepilogo
Calcolatrice della temperatura di annealing Equazione di Wallace et al
La calcolatrice utilizza l'equazione di Wallace et al. per calcolare la Tm basandosi sulle sequenze degli inneschi e sulla concentrazione degli inneschi.
Sulla nostra Calcolatrice NEB TM
Il calcolatore è stato progettato per l'uso con i prodotti PCR NEB. Il primo passo è selezionare il prodotto di PCR NEB che si prevede di utilizzare nella reazione di PCR. Questo aiuterà a determinare le adeguate condizioni di reazione e la corretta formula per calcolare la Tm.
Per utilizzare, inserire le sequenze degli inneschi nel calcolatore. Assicurarsi di digitare le sequenze nell'ordine corretto - il primo innesco nella prima casella e il secondo innesco nella seconda casella. Il calcolatore consente fino a 3 basi ambigue (rappresentate dai codici "N", "R", "Y", ecc.) nelle sequenze degli inneschi.
Dopo aver inserito le informazioni necessarie, fare clic sul pulsante "Calcola Tm". Il calcolatore utilizzerà l'equazione di Wallace et al. per calcolare la Tm basandosi sulle sequenze degli starter e sulla concentrazione degli starter.
La calcolatrice mostrerà la Tm calcolata in gradi Celsius nella casella di testo sotto il pulsante "Calcola Tm". Assicurati che la Tm calcolata sia all'interno dell'intervallo di temperatura appropriato per il prodotto di PCR NEB che stai utilizzando.
Altre forme di calcolare la temperatura di fusione
Oltre all'equazione di Wallace et al., ci sono altre equazioni che possono essere usate per calcolare la temperatura di annealing del PCR in base alle sequenze degli starter. Ecco alcune altre equazioni comuni:
Formula di Breslauer et al.
La formula di Breslauer et al. è una delle equazioni più antiche e comuni per calcolare la temperatura di annealing del PCR. L'equazione è la seguente:
Tm = 81.5 + 0.41*(G + C) - 675/N - P + S
Dove:
Tm = Temperatura di ricottura in gradi Celsius G, C = Numero di nucleotidi di guanina e citosina, rispettivamente, nella sequenza degli starter N = Numero totale di nucleotidi nella sequenza degli starter P = Numero di coppie di basi nella sequenza degli starter S = Concentrazione di sale (Na+) in mol/L
Questa equazione è relativamente semplice, ma potrebbe non essere così precisa come altre equazioni più recenti.
Formula di SantaLucia et al.
La formula di Santa Lucia et al. è un'equazione più recente e precisa per calcolare la temperatura di annealing del PCR. L'equazione è data da:
Tm = 100,5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16,6*log10(S/1000)
Dove:
Temperatura di annealing in gradi Celsius G, C = Numero di nucleotidi di guanina e citosina, rispettivamente, nella sequenza dei primers A, T = Numero di nucleotidi di adenina e timina, rispettivamente, nella sequenza dei primers dH = Entalpia di denaturazione del primer in cal/mol S = Concentrazione di sale (Na+) in mol/L
Questa equazione tiene conto dell'entalpia di denaturazione degli inibitori, che può essere misurata sperimentalmente, così come la concentrazione di sale nella reazione di PCR.
