Wallace 등의 방정식을 사용하여 NEB TM을 온라인으로 계산하는 어닐링 온도 계산기를 찾고 계십니까? 그렇다면 당신은 올바른 장소에 도착했습니다!
어닐링 온도(Tm)는 개시자 또는 프라이머가 상보적인 DNA 가닥에 결합하거나 "어닐링"(수소 결합 형성)하여 중합효소에 의한 확장을 허용하는 온도입니다. 최적의 어닐링 온도는 반응 완충액, 이온 농도 및 개시제 농도와 같은 개시제 순서 및 반응 조건에 따라 달라집니다. PCR 반응에서 정확하고 구체적인 결과를 얻으려면 올바른 어닐링 온도를 선택하는 것이 중요합니다.
PCR 어닐링 온도를 계산하는 데 사용할 수 있는 여러 방정식이 있으며, 가장 일반적으로 사용되는 방정식은 Wallace et al. 이 방정식은 프라이머 서열과 프라이머 농도뿐만 아니라 프라이머 서열의 GC 염기쌍 수도 고려합니다. Tm을 계산하는 공식은 다음과 같습니다.
Tm = 64.9 + 41*(G + C - 16.4)/(A + T + G + C - 16.4 - 2*P) - 500/(A + T + G + C + 0.41*P)
어디에서요?
Tm = 어닐링 온도(섭씨) A, T, G, C = 프라이머 서열의 각각 아데닌, 티민, 구아닌 및 시토신 뉴클레오티드 수 P = 프라이머 서열의 GC 염기쌍 수
Wallaceet al. 는 Tm을 계산하는 데 사용할 수 있는 여러 방정식 중 하나일 뿐이지만 정확성과 사용 용이성으로 인해 널리 사용됩니다.
요약
안타깝게도 이해할 수 없는 문구입니다.
계산기는 Wallace 등의 방정식을 사용합니다. 프라이머 서열과 프라이머 농도를 기반으로 Tm을 계산합니다.
저희 NEB TM 계산기에 대해
이 계산기는 NEB PCR 제품과 함께 사용하도록 설계되었습니다. 첫 번째 단계는 PCR 반응에 사용할 NEB PCR 산물을 선택하는 것입니다. 이는 적절한 반응 조건과 Tm 계산을 위한 올바른 공식을 결정하는 데 도움이 됩니다.
사용하려면 계산기에 프라이머 서열을 입력하세요. 올바른 순서로 시퀀스를 입력했는지 확인하십시오. 즉, 첫 번째 상자의 첫 번째 시작 항목과 두 번째 상자의 두 번째 시작 항목입니다. 계산기는 프라이머 서열에서 최대 3개의 모호한 염기(코드 "N", "R", "Y" 등으로 표시)를 허용합니다.
필요한 정보를 입력한 후 "Tm 계산" 버튼을 클릭하세요. 계산기는 Wallace et al.의 방정식을 사용합니다. 프라이머 서열과 프라이머 농도를 기반으로 Tm을 계산합니다.
계산기는 "Calculate Tm" 버튼 아래 텍스트 상자에 계산된 Tm을 섭씨 단위로 표시합니다. 계산된 Tm이 사용 중인 NEB PCR 제품에 적합한 온도 범위 내에 있는지 확인하세요.
링 온도를 계산하는 다른 방법
Wallace 등의 방정식 외에도 프라이머 서열을 기반으로 PCR 어닐링 온도를 계산하는 데 사용할 수 있는 다른 방정식이 있습니다. 다음은 몇 가지 다른 일반적인 방정식입니다.
브레스라우어 등의 공식
Breslauer 등의 공식. PCR 어닐링 온도를 계산하는 가장 오래되고 가장 일반적인 방정식 중 하나입니다. 방정식은 다음과 같이 주어진다:
Tm = 81.5 + 0.41*(G + C) - 675/N - P + S
어디에서요?
Tm = 어닐링 온도(섭씨 온도) G, C = 각각 프라이머 서열의 구아닌 및 시토신 뉴클레오티드 수 N = 프라이머 서열의 총 뉴클레오티드 수 P = 프라이머 서열의 염기쌍 수 S = 염 농도( Na+ ) mol/L 단위
이 방정식은 상대적으로 간단하지만 다른 최신 방정식만큼 정확하지 않을 수 있습니다.
SantaLucia 등의 공식.
SantaLucia 등의 공식. PCR 어닐링 온도를 계산하기 위한 더 새롭고 정확한 방정식입니다. 방정식은 다음과 같이 주어진다:
Tm = 100.5 + 41*(G - C/2)/(A + T + G + C) - 820/dH - 16.6*log10(S/1000)
어디에서요?
어닐링 온도(섭씨 온도) G, C = 프라이머 서열 A의 각각 구아닌 및 시토신 뉴클레오티드 수, T = 프라이머 서열의 각각 아데닌 및 티민 뉴클레오티드 수 dH = 프라이머의 변성 엔탈피(cal/mol) S = 염분 농도(Na+)(mol/L)
이 방정식은 시작 물질의 열역학적 변성 엔탈피를 고려하며, 실험적으로 측정할 수 있는데다가 PCR 반응에서 소금 농도도 고려합니다.
